敦煌市博物馆成立于1979年，现馆建成于2011年。建筑方案由中国建筑设计研究院建筑大师崔恺主持设计，整个建筑外形、色调融长城、烽燧及古城堡式建筑等文化符号于一体，美观、庄重、大方。现馆建筑面积7500平方米，内设展厅、文物库房、放映厅、休息厅等,以《华戎交会的都市》为展览主题，共设6个展厅。博物馆内设施齐全，功能完善，是弘扬敦煌文化、展示敦煌古代文明的重要窗口，也是敦煌学又一个重要的研究基地。

　　敦煌市博物馆被列为2008年甘肃省首批免费开放的博物馆。拥有标准文物库房和文物展厅，常年举办以《华戎交会的都市》为主题的展览，展出文物1000余件，并负责全市境内文物的征集、宣传、管理、调查、维修等工作，是一个融文物保护、研究、征集、收藏、陈列展出于一体的综合性博物馆。

　　现馆藏石器、陶器、铜器、瓷器、丝绸、汉简、砖刻等14类馆藏文物13481件（套），其中，一级文物138件（套），二级文物411件（套），三级文物1404件（套）。上迄新石器时期，下至明清时代，以汉唐文物最为丰富，史料价值最高，是古丝绸之路兴盛辉煌的历史印记。在馆藏和陈列文物中，有据今3000-4000年前出土的青铜器时期的夹砂陶罐、石斧、石镰、石磨等生产、生活用具，证明敦煌先民们很早就在这块“沙漠绿洲”中生息繁衍；两关（阳关、玉门关）遗址和汉长城烽燧、驿站出土的文物最为丰富多彩，精美的丝绸，早期的纸张，完整的苣火等边关将士使用的军事、生活用品向人们倾诉着敦煌的古老与悠久；著名的敦煌汉简，记录了汉晋时敦煌地区屯田戍边的情况；魏晋十六国时画像砖，早莫高窟石窟艺术近一个世纪，画像砖绘画艺术，内容形式都与莫高窟有着渊源关系。北凉石塔是已知河西地区最早的佛教艺术珍品。敦煌市博物馆还有收藏的1900年发现，流散于敦煌当地的藏经洞文献，其中汉文81卷，吐蕃文237卷，梵夹式吐蕃文8482页，一些汉文文书和写经，堪称敦煌文献之精品。

　　此外，历年来对悬泉置遗址、马圈湾遗址、祁家湾墓群、佛爷庙湾墓群等大型遗址和古墓葬进行了考古发掘工作，出土了一批精美绝伦的珍贵文物。系统地普查了汉代长城、烽燧遗址。这些出土文物基本上涵盖了从青铜器时代到明清敦煌的各个历史时期，是昔日敦煌在丝绸之路上的辉煌与繁盛的历史印记。

　　1995年被酒泉地区行署、敦煌市人民政府确定为爱国主义教育基地；2003年被确定为甘肃省爱国主义教育基地；2005年被国家文物局评为“全国文物工作先进集体”；2016年9月被酒泉市科学技术协会命名为“科普教育基地”；2017年5月，被共青团酒泉市委、酒泉市文明办授予“青年文明号”荣誉称号；2017年11月，被酒泉市科学技术协会表彰为酒泉市科普工作先进集体；2017年12月，被甘肃省人力资源和社会保障厅、甘肃省文物局评为甘肃省第一次可移动文物普查工作先进集体；2020年10月被评为酒泉市第一批民族团结进步教育基地；2020年12月被中国博物馆协会评定为“国家二级博物馆”。